A Budapest IX. Kerületi Weöres Sándor Általános Iskola és Gimnáziumot a Ferencvárosi Önkormányzat hozta létre 2004. augusztus elsején, két korábbi iskolájának: a Vajda János Újreál Gimnáziumnak és a Vörösmarty Mihály Általános Iskolának az összevonásával. Az iskola története tehát nem 2004-ben kezdődik, hanem jóval régebben, s a két előd történetét külön-külön kell felidézni.

A Vajda János Újreál Gimnázium épületét 1962-ben adták át, s abban 1991-ig mint Toronyház utcai Általános Iskola működött. 1991-ben az iskola felmenő rendszerben „újreál középiskolává” alakult át, azaz megszűnt az általános iskolai képzés, és átmenetileg négy évfolyamos, majd tisztán hat évfolyamos gimnáziummá vált. A gimnáziumi oktatás mellett kezdetektől szakmai előkészítő jellegű oktatás is folyik, illetve érettségire épülő egyéves szakképzés. 1994-ben érettségiztek az első gimnazisták, akik még négy évfolyamos tantervvel indultak, majd az első hat évfolyamos újreál osztály 1997-ben. Az iskola 1996-ban kapta a Vajda János Újreál Gimnázium nevet. 2000-től újból indultak négy évfolyamos osztályok. 2001-ben a drámapedagógiai és színjátszó-köri sikerekre és hagyományokra építve személyiségfejlesztő művészeti (drámapedagógiai) képzés indult. Az iskola udvarán külön álló épületben 1974-től 1992-ig tanuszoda működött, amely az iskolások úszásoktatása mellett részben a Ferencvárosi Torna Club utánpótláskorú úszóinak nevelését is szolgálta igen eredményesen. Az uszoda épületében 2002 óta jégcsarnok működik az iskola tanulói és a ferencvárosi fiatalok korcsolyaoktatására és sportolási igényének kielégítésére.

A Vajda János Újreál Gimnázium volt az ún. „újreál iskola” egyik első megvalósítója. Az újreál pedagógia kitalálói az 1980-as évek vévén olyan új típusú középiskola létrehozását tervezték, ahol a diákok lehetőséget kapnak arra, hogy – miközben elsajátítják a középiskolai alapismereteket és fölkészülnek a sikeres érettségire – megszerezhetik azt a maximális tudást, amelynek elérésére egyénileg képesek. Az elképzelések szerint az újreál iskolában mindenki azzal foglalkozhat elsősorban, amit szeret, amihez kedve és tehetsége van. Az iskola rugalmas szervezetben működik, érzékenyen reagál a környezet kihívásaira, a megrendelői igényekre, a gyakorlatban is használható tudást kíván adni. A mindenkori valósághoz, a realitásokhoz való újszerű viszonyt hivatott kifejezni az újreál név is. Az újreál koncepcióban a képzés kötelező egységes és differenciált egyéni képzésre oszlik, amelyből a kötelező egységes képzés óráin minden diáknak kötelező részt vennie, itt történik a középiskolai alapismeretek elsajátítása. Az ehhez kapcsolódó differenciált egyéni képzésben nem kötelező részt venni. Ennek tartalmai sem előre meghatározottak, hanem a mindenkori megrendelői igényekhez alkalmazkodva alakulnak. A kötelező egységes képzéshez különböző típusú belső vizsgák kapcsolódnak. Az újreál iskolák hatékony pedagógiai módszereket és tanulásszervezési eljárásokat alkalmaznak annak érdekében, hogy a diákok minél jobban felhasználják az iskolában eltöltött időt. Összegezve az újreál legfontosabb pedagógiai alapelvei a következők: 1. gyakorlatiasság, 2. az egyéni adottságok figyelembe vétele, differenciáltság, 3. a tanulói sikeresség biztosítása, 4. az önismeretre, önállóságra, önnevelésre való késztetés.

A Vörösmarty Mihály Általános Iskola 1963-ban kezdte meg működését Lobogó utcai Általános Iskola néven. Később sok évig a jeles modern magyar festő, Dési Huber István nevét viselte. Vörösmarty Mihály nevét a nevelőtestület kezdeményezésére az önkormányzat képviselőtestülete 2000-ben adta az iskolának. Az iskola tanulólétszáma megalakulásakor meghaladta az 1000 főt, majd nagyobb hullámzások után 400 körüli létszámban stabilizálódott. Az iskola korábban elsősorban sportsikerei révén volt ismert. 1986 és 1994 között mint a Ferencvárosi Torna Club labdarúgóinak és kézilabdázóinak nevelő iskolája működött, számukra ún. „sportosztályokat” indítottak. Az 1990-es években kiemelkedő színvonalú volt az ének-zenei, illetve képzőművészeti nevelés is, de sok szép sikert értek el tanulóink egyéb versenyeken is. Az iskola udvarán 1997-ben korszerű tanuszoda épült, ahol elsősorban a ferencvárosi iskolákba járó gyermek tanulnak meg úszni, de a szélesebb társadalmi környezet sportolási igényeit is szolgálja.

A két iskola összevonását a Ferencvárosi önkormányzat Oktatáspolitikai Intézkedési Tervének 2004. februári módosításakor határozta el, hogy ezáltal ésszerűsítse iskoláinak működtetését. A névadás a nevelőtestület kezdeményezésére történt, melyben kérésüket a következőkkel indokolták: Weöres Sándor – mind személyisége, mind pedig életműve alapján – egyformán kedves lehet a hatéves gyermekeknek és a tizennyolc éves fiataloknak, ezért nevének fölvételével erősíteni lehet a tanulókban az iskolához való kötődést. Weöres Sándor neve utal a jogelőd iskolákban folytatott művészeti nevelésre. Nevének felvétele alapot adna ahhoz is, hogy az új iskola a gyermekirodalom bázisává növekedjék. (Ráadásul a két V-vel kezdődő nevű, megszűnő iskola utódjának neve W-vel kezdődne, ami szimbolizálja a korábbi sajátosságok megőrzésének szándékát.) A költő jogutódja, dr. Károlyi Alice támogatta a kérést, s megajándékozta az új iskolát Weöres Sándor könyvtárának egy jelentős részével. A nevelőtestületek kezdeményezésével az önkormányzat képviselőtestülete egyetértett, s 2004. június 17-i ülésén ennek megfelelőn fogadta el az új intézmény alapító okiratát. Az iskola történetében újabb mérföldkövet jelentett, hogy az intézmény a köznevelési feladatot ellátó egyes önkormányzati fenntartású intézmények állami fenntartásba vételéről szóló 2012. évi CLXXXVIII. törvény rendelkezéseinek megfelelően állami fenntartásba került 2013. január 1-jétől.

Az intézmény fenntartója a Klebelsberg Központ (KLIK) Dél-Pesti Tankerülete.